Le nettoyage quotidien de la machine est une opération indispensable.

Les sucres et autres résidus végétaux sont autant de foyers de micro-organismes susceptibles de dégrader la qualité de la récolte. Sans aller jusqu'à la désinfection, il faut éliminer le plus gros. Pour cela, commencer par éliminer manuellement ou avec une brosse les amas visibles permet de gagner du temps et d'économiser l'eau qui sera employée par la suite. Le débit doit être important et  la pression faible pour ne pas endommager les roulements. On compte pour le nettoyage complet d'une machine à vendanger entre 2 et 3 m3 d'eau. Les systèmes intégrés aux têtes de récolte permettent effectivement un rinçage intéressant mais leur action seule est insuffisante.

Il faut être conscient que c'est une source de pollution non négligeable même s'il ne s'agit que de matière organique (sucres, végétaux). Cette pollution est d'autant plus importante si elle est concentrée en un point bien précis comme c'est le cas avec les aires de nettoyage collectives. Ces aires présentent l'avantage d'être bien conçues pour un nettoyage optimal et la mise en commun de l'installation est intéressante d'un point de vue financier. La nécessaire prise en compte de l'environnement doit nous pousser à mieux raisonner nos pratiques dans ce domaine.  On peut par exemple envisager des solutions mixtes combinant un premier nettoyage de la machine sur la parcelle et une finition sur une aire de lavage. Ainsi, on épand une partie des effluents sur la parcelle et la concentration sur l'aire collective est diminuée. Cela impose de disposer d'une cuve d'eau claire mobile qui accompagne le chantier de récolte.